Berikut ini adalah dampak negatif letak geografis Indonesia yang merupakan salah satu negara kepulauan terluas di dunia.
- Pengawasan teritorial yang sulit. Indonesia merupakan negara kepulauan, banyaknya pulau di Indonesia membuat pemerintah sulit melakukan pengawasan terhadap wilayah teritorial.
- Sering terjadi bencana alam. Indonesia berada pada jalur patahan lempeng kerak dunia, pergerakan lempeng tersebut dapat mengakibatkan terjadinya bencana gempa bumi, gunung meletus dan tanah longsor. Selain itu, karena indonesia sebagian besar wilayahnya adalah perairan juga sangat mungkin terdampak bencana alam seperti banjir hingga tsunami.
- Sulitnya pengawasan keamanan dan banyaknya pintu masuk ilegal menyebabkan Indonesia rawan terjadi penyelundupan dan tindak kejahatan. Sebagian besar wilayah Indonesia adalah lautan, sehingga pengawasan keamanan terhadap penyusup yang mencuri ikan dan pasir akan sulit terlacak. Selain itu, Indonesia yang berada pada jalur lalu lintas dunia juga bisa berakibat mudahnya menyelundupan narkoba ke Indonesia
- Munculnya berbagai penyakit. Letak Indonesia pada garis katulistiwa menyebabkan debu dari seluruh duni terkumpul di garis katulistiwa sehingga memicu timbulnya berbagai penyakit.
- Sirkulasi musim hujan dan kemarau mengakibatkan beberapa daerah kekeringan saat yang lain mengalami banjir.
- Sulitnya pembangunan infrastruktur. Banyak wilayah di Indonesia yang infrastrukturnya masih sangat jauh dari kata layak.
- Adanya ketidak merataan pendidikan. Anak-anak di wilayah perbatasan dan pedalaman Indonesia masih banyak yang tidak memperoleh akses pendidikan.